Los trastornos del estado de ánimo en el ámbito del MDD suelen ser resistentes al tratamiento con múltiples medicamentos. Por eso, en primer lugar, es necesario gestionar la medicación, ya que cada nuevo régimen requiere un seguimiento constante del paciente.
Por no mencionar que los antidepresivos por sí solos conllevan algunos efectos secundarios bastante graves, especialmente cuando se toman durante un periodo prolongado. Esos efectos secundarios varían, pero suelen incluir insomnio, ansiedad, agitación, náuseas, problemas de vejiga, disfunción sexual, mayores riesgos cardiovasculares, mareos, aumento de peso, fatiga y mucho más.
La EMT, por su parte, produce efectos secundarios relativamente leves, que incluyen sobre todo pequeños dolores de cabeza, molestias en el cuero cabelludo, mareos y hormigueos tras el procedimiento. Estos efectos secundarios suelen ser de corta duración, lo que confirma un estudio de 2007.